申请确认劳动关系，属于劳动争议，一般需要先申请劳动仲裁，如果当事人对于仲裁结果不认可，可以向当地的人民法院提起诉讼，如果对一审裁判不服还可以提起二审。因此，确认劳动关系的案件同样实行二审终审制。
【法律依据】
《劳动法》第七十九条规定，劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
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