菌盖木栓质，形态各异，长在一起的雄雌两株形态相似，香味浓。人工栽培的灵芝每朵形态都一样。灵芝未成熟时菌盖边沿有一圈嫩黄白色生长圈，成熟后消失并喷出孢子粉。野生赤芝并不是都有菌柄，有柄或近无柄或无柄；紫芝有柄极少数无柄或近无柄。灵芝菌柄红褐色至黑色，都有漆样光泽，坚硬。
灵芝生长中的光线过低就只长菌柄、不开片，如鹿角芝、灵芝草类。野生赤芝的菌盖少数有天然漆样光泽，经洗净烘烤干后，菌盖会溢出漆样光泽的灵芝油，有环状棱纹和辐射状皱纹。野生灵芝大小和形态变化较大。菌背面，有无数细小管孔，管口呈白色或淡褐色，灵芝生长初期菌背面一眼看去就一片白色，每毫米内有4～5个管孔，管口圆形，内壁为子实层。灵芝种子（孢子），卵圆形，壁两层，针尖大小，褐色，集多粉末状。
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