加班费属于劳动者劳动报酬所得的有效组成部分，个人所得税是按照劳动报酬的总额进行扣取，加班费也是要扣个人所得税的。
【法律依据】
《个人所得税法》第二条规定，下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
(一)工资、薪金所得；
(二)劳务报酬所得；
(三)稿酬所得；
(四)特许权使用费所得；
(五)经营所得；
(六)利息、股息、红利所得；
(七)财产租赁所得；
(八)财产转让所得；
(九)偶然所得。
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