发票存根联是指已开具发票的存根联或未开具的空白发票，与发票联、抵扣联、记账联组合成为四联发票。普通发票的基本联次为三联：第一联为存根联，开票方留存备查用；第二联为发票联，收执方作为付款或收款原始凭证；第三联为记账联，开票方作为记账原始凭证。存根联及结算联给财政、税收、审计等部门，以进行财务税收检查的重要依据。
1、根据《中华人民共和国发票管理办法》规定，开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存5年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。擅自销毁发票存根联以及发票登记簿属于未按规定保管发票的行为。对此行为的单位和个人，由税务机关责令限期改正，没收非法所得，可以并处1万元以下的罚款。
2、原始凭证的保管期限是15年，先可由会计部门保管一年，一年后编制移交清册给本公司的档案管理部门，保管期限到期后，应由该部门进行销毁。
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