离婚时有两个小孩法院根据以下情形判决：
1、如果双方可以就孩子抚养协商一致，按照双方当事人的意思出具判决书；
2、如果双方不能就孩子抚养协商一致，法院会按照一人抚养一个子女的原则进行判决；
3、判决抚养的时候法院会参考孩子的年龄，性别等因素进行判决，通常情况下，两周岁以内的子女原则上由女方抚养，两周岁到十周岁之间的子女法院会按照有利子女成长的原则判决，十周岁以上的子女可以征求孩子意见。
【法律依据】
根据《最高人民法院关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》第一条，两周岁以下的子女，一般随母方生活。母方有下列情形之一的，可随父方生活：
（1）患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的；
（2）有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的；
（3）因其他原因，子女确无法随母方生活的。
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