第一：可以通过微创保肝取石术，微创保肝取石是在ERCP内镜基础上，采用十二指肠大乳头球囊扩张胆管出口，将ERCP内镜送入胆总管内，通过胆总管直达肝内胆管，通过肝内胆管球囊扩张肝内胆管，扩开肝内胆管内径，通畅取石通道，可以一次性彻底清除肝内胆管结石，手术全程在视频可视下内镜操作，无痛、无创伤、无出血，一次彻底治愈肝内胆管结石，保住正常的肝脏组织。
第二：可以通过手术治疗。手术的方法主要有：高位胆管切开取石；胆肠内引流；消除肝内感染性病灶。虽然手术治疗看似比较麻烦，还需要在手术后进行一段时间的疗养，但是手术治疗是最为有效治愈效果最明显的一种治疗方式。
第三：残石的处理，一旦患者在术后经T管造影被发现有胆道残留结石时，可在窦道形成后拔除T管，经窦道插入胆道镜，在直视下用取石钳、网篮等取石。如结石过大可采用激光碎石、微爆破碎石或其他方法将残石碎裂成小块后再取出。
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