1、为保证沼气发酵不致遭到破坏，必须禁止加入各种大剂量的发酵阻抑物，特别是剧毒农药和各种强杀菌剂。对因这种原因而遭到破坏的沼气池，需将池内的发酵原料全部清除，再用清水将沼气池冲洗干净，然后才能重新投料启动。
2、朝气池内水分过多或过少都不利沼气细菌的活动和沼气的产生。若含水量过多，发酵液中干物质含量少，单位体积的产气量就少；若含水量过少，发酵液太浓，容易积累大量有机酸发酵原料的上层就容易结成硬壳，使沼气发酵受阻，影响产气量。
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