1、宗教层面的区别:玛尼堆是佛教的产物,敖包则是萨满教的产物。
2、建筑形式上的区别:玛尼堆是长时间形成的,敖包是一次性建成的。
3、内容上的区别:玛尼堆的石头上多刻有经文,敖包石上很少有经文出现。
4、位置上的区别:玛尼堆的位置随意性非常大,这与藏族转山祈福的习俗有关;敖包的位置多是固定的,有路标的作用。