石灰水可以消毒，因为石灰水中含有Ca2+和OH-离子，具有碱性，能直接作用于病原体的原生质，使蛋白质凝固变性而导致失活，其中Ca2+离子，可以直接影响病原体细胞膜的通透性及环—腺苷酸的代谢。
1%的石灰水在数小时内，可杀死普通繁殖型细菌；3%的石灰水放1小时可杀死沙门氏菌。熟石灰还是养畜养禽场的常用消毒防腐药物，可预防多种传染病，如猪丹毒、链球菌、病牛巴氏杆菌病等；也可预防某些寄生虫病，如疥癣病等。但在使用的过程中，应使用新配置的石灰水，否则达不到消毒目的。
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