等位基因是指同源染色体上控制相对性状的一对基因。注意一下相对性状的概念，它是指某种性状的不同表现形式，如同样是颜色，可表现为黑和白两种形式，那么黑和白就是一对相对性状。A与a分别控制显性和隐性性状，所以它们是等位基因，而A与A、a与a控制的都是相同的性状，所以它们不能称为等位基因，只能称相同基因。
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