菌落总数是指食品经过处理，在一定条件下培养后，所得每克或每毫升检样中所含细菌菌落总数。测定食品中的菌落总数，一般均采用中温培养。菌落总数主要作为判别食品被污染程度的标志，菌落总数并不表示样品中实际存在的所有细菌总数。
菌落总数测定是用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，它反映食品在生产过程中是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。
食品的菌落总数严重超标，说明其产品的卫生状况达不到基本的卫生要求，将会破坏食品的营养成分，加速食品的腐败变质，使食品失去食用价值。
菌落总数包括致病菌和有益菌，对人体有损害的主要是其中的致病菌，菌落总数超标也意味着致病菌超标的机会增大，增加危害人体健康的几率。
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