制药工程专业毕业后可到各类各级企事业单位从事中药、化学药、生物药物的研发、质控、生产、管理、经营等工作，及到设备制造单位从事制药设备的设计与开发、生产与制造、经营与服务等方面的工作。
(1)制药工程专业中最多人选择从事的工作就是医药代表，外企医药代表一般一个应届生能到小1W，所以也会有一定的吸引力，民企或者小的制药公司也有工资非常低的。这个职业也算得上广受诟病的职业，每天主要拜访客户，每天实际上与医生交流的时间不到一个小时，花在等待和交通方面的时间确不少。
(2)制药工程也可以去药企其他部门：市场部等(小企业)，一般外企和大企业市场部需硕士及以上学历或者有销售经验的人转部门。
(3)制药工程专业可以进入药厂，但普遍工资很低，且工厂位置偏远，多包吃包住，平均工资3-5K，也因此去药厂的人不多，但如果愿意去的话，工作还是很好找的。
(4)制药工程专业可以从事医药互联网相关工作，也就是所说的新媒体。但一般比较高端的平台的编辑要求都是硕士及以上学历，但部分起步的公司还是OK的。一般这类公司都有较多的职位需要制药相关专业学生，具体不同岗位需求可能不同，也算是这两年制药工程学生一个新的出路。
(5)制药工程专业可以考公务员，不赘述。
从事行业：
制药工程专业毕业后主要在制药、新能源、医疗设备等行业工作，大致如下：
1 制药/生物工程
2 新能源
3 医疗设备/器械
4 机械/设备/重工
5 仪器仪表/工业自动化
6 其他行业
7 石油/化工/矿产/地质
8 医疗/护理/卫生
制药工程作为以高新技术为依托的产业发展迅速。从全球看，发达经济体医药市场增速回升，新兴医药市场需求旺盛，化学仿制药在用药结构中比重提高，为医药发展带来新的机遇。从目前行业的整体形势来看，这个专业就业前景稳定且长期向好。
我国现有药品制剂和原料药生产企业5000余家，以及正在形成的大健康产业集群，这些制药企业是制药工程专业毕业生的主要去向。
根据医药工业发展的要求和制药工程专业的培养目标，制药工程专业的学生毕业后能够从事药品生产、新药研制及企业管理等工作。结合我国5000家左右的医药企业，在新冠疫情肆虐和世界各国大力发展大健康产业的背景下，制药工程专业毕业生的就业前景十分广阔。
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