生物安全柜内部消毒常采用的消毒剂是过氧乙酸消毒剂，过氧乙酸是一种杀菌能力较强的高效消毒剂，它可以迅速杀灭各种微生物，包括病毒、细菌、真菌及芽孢，由于它有腐蚀性，必须按比例稀释后使用，否则会造成灼伤。
过氧乙酸消毒剂，是一种强氧化剂，可以杀灭大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、白色念珠菌、白色葡萄球菌等细菌和真菌。
过氧乙酸消毒剂主要用于食品加工厂、食品冻库、肉联厂、屠宰场、畜禽圈舍、病房、一般物体表面、工具、衣物、菇房、棚架等消毒。
过氧乙酸消毒液应严格按照所购入的过氧乙酸消毒液的浓度和使用说明进行调制，一旦有过氧乙酸消毒液溅到皮肤上或眼睛里，应当立即用流动的清水冲洗，以免造成烧伤。
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