1、两者的特点不同：水果玉米的特点：植株较矮，分蘖力较强；果穗苞叶上有旗叶。子粒淡黄或白色，胚较大，乳熟期子实柔嫩、富含水溶性多糖、维生素A、维生素C、脂肪和蛋白质等。普通玉米的特点：栽培技术简单、周 期短，具有较高的经济价值、营养价值和加工价值，深受玉米产业者的欢迎。
2、两者的起源不同：水果玉米的起源：水果玉米起源于前哥伦比亚时期的中美洲和南美洲。普通玉米的起源：中国是普通糯玉米的世界起源中心，栽培历史悠久。
3、两者的分类不同：水果玉米的分类：水果玉米从含糖量上分为普通型水果玉米、超甜型水果玉米、加强甜水果玉米。超甜玉米是可以直接生食的品种。从颜色上分为：黄色、白色、双色（黄白相间）、和纯白色四种。普通玉米的分类：糯玉米按照颜色可以分为白色糯玉米、黄色糯玉米、黑色糯玉米（俗称黑珍珠）、彩色糯玉米（花糯）。
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