昆虫不育技术定向非常精确，是最不会伤及无辜的害虫防治手段的，而且这类技术使用起来局限较大。
首先，由于要大规模释放雄性，所以只能对雄性不造成经济损失的昆虫下手，这个技术主要局限在螺旋蝇，果蝇，蚊子等少数昆虫上。其次，技术和成本要求高，然后效果难以预测，螺旋蝇是个成功案例，但还有很多情况是放出的雄性吸引不到雌性，投入的致死个体被大量野生种群淹没，或者是引入的有害基因很快被基因库扫地出门。
如果一定想要用这个技术造成生态问题，那也是有可能的，比如对白蚁进行不育释放，白蚁虽然对建筑有害但是是非常重要的森林益虫，这也是为什么没有科学家会考虑用这个技术防治白蚁。
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