生物防治可用小精灵、大胡子异形、斑马螺、彩蛋螺。手动清洗可以用刀片完成，化学处理可在水中添加磷酸二氢钾，据研究表明磷酸盐含量超过1ppm时，绿斑藻就不会再出现了。导致绿斑藻出现的原因多数是因为水中硝酸盐和磷酸盐的不平衡，过多的光照和太长的光照时间也是重要的原因。绿斑藻是一种绿色斑点植物藻类，属于多斑藻科。它具有假薄壁组织，可在物体表面生长。绿斑藻常出现在水池的壁上，当然偶尔也会出现在叶片上的水生植物，零星的散落生长，而且多呈盘状，是水池壁上常见的树种之一。
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