栽培蘑菇条件较为复杂，要求一定的设施，如房屋、床架等。在种植过程中，培养料和土粒的搬运又大大增加了菇农的种植成本和大量人工。并且菇房由于年年种菇，房间内杂菌、害虫的密度增大，消毒灭虫工作稍有疏忽，会造成蘑菇减产，质量降低。
经济效益:伴随着科学技术的不断进步，食用菌规模化种植技术，渐渐趋于成熟。加之食用菌种植受天气影响较小，投资成本也适中，并且食用菌的种类繁多，让种植者有了更多的选择空间。因此从多个角度考虑，发展食用菌种植还是有很好的市场前景的。
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