1、叶子不同。小叶黄杨：叶子呈阔椭圆形或阔卵形，长度为7-10毫米，宽度为5-7毫米；雀舌黄杨：叶子呈狭卵形或倒卵形，长度为2-4厘米，宽度为8-18毫米。
2、花期和果期不同。小叶黄杨：小叶黄杨的花期在3月，果期在5-6月；雀舌黄杨：雀舌黄杨的花期在2月，果期在5-8月。
3、生长环境不同。小叶黄杨：小叶黄杨生于岩上，海拔1000米处；雀舌黄杨：雀舌黄杨生平地或山坡林下，海拔400-2700米处。
4、繁殖方法不同。小叶黄杨：小叶黄杨的繁殖方法主要是扦插；雀舌黄杨：雀舌黄杨的繁殖方法主要是扦插和压条。
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