鸡蛋可以为沙门氏菌和葡萄球菌污染，人吃了带有致病性细菌的鸡蛋可能发生沙门氏菌胃肠炎或金黄色葡萄球菌肠毒素中毒。前者表现为腹疼、腹泻、呕吐、高烧，也可呈弛张型或间歇型发热，出现肝脾肿大；后者系由病菌大量繁殖，而产生肠毒素引起的中毒，起病急，呕吐剧烈，会伴有失水与虚脱。沙门氏菌广泛分布在自然界，亦存在于鸡的肠道中，因此，鸡蛋很容易受其污染。沙门氏菌在20-30℃时繁殖非常迅速。葡萄球菌在自然界中分体很广，有皮肤疖肿、鼻腔炎的人，手上会污染大量葡萄球菌，鸡蛋受其摸触污染，若在室温22℃以上时，搁置5小时，细菌即可大量繁殖。
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