一、明朝内阁制强化了君主专制制度。内阁制度随着皇权的高度强化而建立，权利的来源，由君主所授予，对君权的制约作用有限。事无大小，内阁都要秉承君主的旨意行事，遂成为君主加强专制的工具，因此明代的君主专制比前代尤甚，助长了君主专制。
二、形成了明代宦官的专权。宣宗以后，人主怠荒，深居内宫，不亲政事，不见大臣，又把太监当作心腹委以重任，朱批便由秉笔太监处理。至于阁臣之不肖者，更争相谄媚逄迎宦官，助阉为虐，狼狈为奸，助长宦官的气焰。综观明代宦官为祸之烈，实与废相后，内阁无实权，加上君主过于宠信宦官，使宦官得以居中用事所使然。
三、演成朋党倾轧。明之内阁上受君主箝制，内受宦官操纵，阁臣之欲握权柄者，皆不免以不光明之手段得之。即在明代内阁权任处于最高峰时，阁臣间为争夺”辅“地位，往往互相倾轧，愈演愈烈，甚至不惜朋党台谏，依傍宦官，世宗时之严嵩任首辅，威权不可一世，但却为阁僚徐阶所倾到。
四、导致政风因循。明代内阁受所处的地位和职权的限制，权力由皇帝授予，而宦官又居中窃柄，阁臣于是只能对皇帝唯唯诺诺，对宦官俯首听命而不敢有违，一辈阁臣都碌碌无能，遂使政风因循腐化。
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